2026年3月27日，李昌钰在美国内华达州的家中离世，享年87岁，他走得很安静，家属没有发布讣告，也没有安排公开悼念活动，他的遗愿很简单，只希望不举行仪式，用传承和分享来纪念他，其实他在离世前两天还在口述一本书，书名叫《失踪人口调查》，全书13章内容都由他亲自讲述，学生帮忙整理完成，刚交给出版社，他就离开了。

他去年十一月查出脑瘤，医生建议做穿刺或者开颅，但他直接拒绝了，不是因为怕疼，也不是因为迷信，他说不想浪费医疗资源，这话听着有点冷，可仔细想想挺符合他一贯作风，干法医这行几十年，他一直坚持用最少证据撬动最大真相，这次选择自然疗法，是他清醒的决定，不是糊涂放弃。

他有过两次婚姻，第一次是和宋妙娟结婚，那是1952年的事，她跟着他从江苏如皋去了美国一起生活，两人相伴了56年，直到2017年宋妙娟去世，之后李昌钰情绪变得低落，有一段时间几乎不再接手案件，到了2018年，他和蒋霞萍结婚，蒋霞萍是扬州的企业家，同时也写书，比他小17岁，之前她就经常帮忙处理他的事务，结婚后成了他的特别助理，她还写了一本85万字的小说叫《凤凰涅槃》，书里的主角就是根据李昌钰的经历写的，他们俩私下喜欢编故事玩，互相称呼“李公子”和“七帮主”，还一起琢磨着合作写小说，算是在精神上相互陪伴着过日子。

他处理过八千多起案件，参与辛普森案、肯尼迪遇刺调查和水门事件，还把DNA鉴定技术引入美国司法系统，2024年3月，这位86岁的专家来到西安交大讲课，主题是人生逻辑与鉴识科学，他最近提出取消“失踪24小时才立案”的规定，认为现在破案线索都在手机、监控和社交平台里，需要整合数据及时处理，这个想法听起来简单，但落实起来涉及多个部门协调，推进难度不小。

2020年弗洛伊德事件引起广泛讨论，有人问他对警察执法的看法，他回应说，对的事情要坚持，错的事情要纠正，该由谁来调查就让谁来处理，他没有选择站队，也没有空喊口号，同时提醒亚裔群体，如果大家不发出集体的声音，就很难争取到应有的正义，他不喜欢别人称他为神探或东方福尔摩斯，在一次采访中笑着表示，自己只是一个普通人，一辈子就做了这么一件事，就是把不可能变成可能。

他临走时留下一句话,把器官全都捐出去,只留下眼睛,理由很实际,说如果真有天堂和地狱,自己还得靠这双眼睛谋生,他从不愿意被人当作英雄符号,年轻时在如皋做警察,后来去美国学习法医,再回到中国带领学生,这些经历都坚持用证据说话的底线,他不回避死亡,不表演悲情,也不求别人记住他,你翻看他的旧访谈,很少见他夸耀自己,倒是经常提到学生的名字和同事的贡献,他书房里没有奖杯陈列柜,反而堆着一叠叠手写笔记,纸边都磨得毛毛的。

他那本书还没出版，编辑提到初稿里有一章专门讲农村失踪老人的事，里面写了电话停机、户籍冻结、亲属失联这三重断链的情况，他写的时候语气很平，但字里行间能让人感觉到他的着急，书里没写完的部分，学生说打算按他生前口述的内容补录进去，可录音文件最后几句是咳嗽声，接着就没了。