关于“司马南在胖东来直播被劝离遭群嘲”一事存在误解。司马南本人发文称，并非被胖东来赶出去，而是因为“被投诉”的原因，胖东来近期劝阻了所有的直播，所以直播改为录播。司马南在胖东来店内拍摄了6个多小时，直到胖东来关店打烊，还有员工在门口围着与他合影。
上个世纪八、九十年代，中国“气功热”盛行，司马南通过深入研究气功表演的技巧，先把自己练成所谓的“气功大师”，然后在公开场合展示并揭露其中的猫腻，让观众明白所谓的“气功大师”都是骗人的。例如，他的“尖刀顶喉”“口叼杠车”“摩托过头”“意念碎物”等表演后再进行揭秘，十分具有说服力，他也因此一战成名。之后还写了《气功与骗局》一书，成为当时反伪科学的代表人物。
司马南还揭露了伪中医胡万林。胡万林被包装成“神医”，但实际上医疗水平有限，导致众多患者死亡。司马南多次发文揭穿，并带着央视记者去曝光，虽历经危险，但仍坚持揭露其黑幕。此外，他还揭露过特异功能、王林等伪科学相关的人物和现象。
21世纪初，司马南经常发表反美言论，宣称“美国是全世界人民的敌人”等，但被发现他的家人在美国生活，他自己也在美国买房。他“反美是工作，去美国是生活”的言论引起了公众的不满，使其形象受损，人设崩塌。
在文化界，他攻击诺贝尔奖得主莫言，认为莫言的作品只揭露黑暗、不赞美光明，是迎合西方口味丑化中国人，但这种观点在网上遭到很多人反对；在与曾经的战友崔永元因转基因观点不同引发的论战中，他站队方舟子，一起对崔永元炮轰。在资本界，他攻击联想、阿里等企业，其攻击理由有时被认为比较匪夷所思，比如质疑阿里投资《长津湖》是利用“爱国”为“资本”赚取利润。
总的来说，司马南早期作为反伪斗士有一定的贡献，但后期的一些言论和行为引发了诸多争议，导致公众对他的评价褒贬不一。
